由于膜元件的水解(对醋酸纤维素膜元件由过低或过高pH值造成),氧化(例如各种氧化剂Cl2、H2O2、KMnO4)以及机械损坏(产水背压、膜卷突出、过热、由于细碳料或砂料造成的磨损)均可以造成反渗透膜元件的降解。
如果未采取阻垢措施或者采取的阻垢措施不当,均会造成沉淀物沉积,常见的沉淀物包括碳酸垢(Ca),硫酸垢(Ca、Ba、Sr),硅垢(SiO2)。
胶体沉积一般由金属氧化物(Fe、Zn、Al、Cr)和其他各种胶体造成。
天然有机物(腐殖物和灰黄素),油类(泵密封泄漏,新换管道),过量的阻垢剂或铁沉淀,过量的阳离子聚合物(来源于预处理的过滤器)均是造成有机物的根源。
微生物会在复合膜表面形成生物黏泥,同时细菌会对醋酸纤维素膜造成侵蚀,这些微生物包括藻类,真菌等。